Bệnh viện Nhi Đồng thành phố là quần thể kiến trúc gồm 7 khu chức năng, bao gồm:
Khu công trình chính: nằm ở vị trí trung tâm khu đất, quy mô 27.224 m² gồm 2 khu nhà có tầng hầm chung; Khối công trình phụ nằm ở phía Bắc khu đất, quy mô 6.044 m²;
Khối hạ tầng kỹ thuật - nhà bảo trì cơ điện quy mô 9.202 m² đất, bố trí dọc theo phía Nam khu đất có điểm đấu nối từ đường Kênh 10 (lộ giới 20m).
Nhà sử dụng tương lai - sân bãi thể dục thể thao nội bộ bố trí ở góc Tây - Bắc khu đất tiếp giáp với đường D1 (lộ giới 40m) quy mô 8.040 m²;
Khu vườn hoa - sân chơi trẻ em bố trí ở giữa khu đất tiếp cận với sân vườn của khối nhà chính, quy mô 5.212 m² đất;
Khối nhà phụ gồm nhà xe cấp cứu và 4 nhà bảo vệ tại các cổng vào, diện tích đất 176 m²; Khu bến bãi - thảm cỏ bố trí ở phía Tây và phía Nam khu đất, diện tích đất khoảng 15.486 m².
